本發(fā)明屬于生物醫(yī)藥技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種基于異構(gòu)關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)深度學(xué)習(xí)的藥物重定位系統(tǒng)及方法，該系統(tǒng)包括預(yù)測工具模塊、實驗驗證模塊和對外服務(wù)模塊。本發(fā)明提供的深度學(xué)習(xí)藥物重定位系統(tǒng)的預(yù)測工具核心模塊，利用電子病歷數(shù)據(jù)更新“藥物?疾病”關(guān)聯(lián)矩陣，融合電子病歷、化學(xué)結(jié)構(gòu)、靶蛋白序列、副作用和蛋白互作等藥物信息及電子病歷、本體和表型等疾病信息，生成藥物相似矩陣和疾病相似矩陣，最終拼接三類矩陣生成“藥物?疾病”異構(gòu)關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)。本發(fā)明可顯著提高藥物研發(fā)的效率和精準(zhǔn)性，實現(xiàn)臨床數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)的深度挖掘，使之服務(wù)于醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域，促進(jìn)藥物未知作用機制的發(fā)現(xiàn)，加快新藥研發(fā)進(jìn)程，推動臨床藥學(xué)等相關(guān)學(xué)科發(fā)展。