本發(fā)明提供了一種基于網(wǎng)絡(luò)推理的藥物通路預測方法及預測模型，采用以下步驟構(gòu)建得到：首先通過使用大規(guī)模藥物基因組學數(shù)據(jù)，構(gòu)建已知的藥物?通路網(wǎng)絡(luò)；通過計算化學子結(jié)構(gòu)的信息，構(gòu)建子結(jié)構(gòu)?藥物網(wǎng)絡(luò)；整合子結(jié)構(gòu)?藥物網(wǎng)絡(luò)和藥物?通路網(wǎng)絡(luò)，構(gòu)建子結(jié)構(gòu)?藥物?通路異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)；然后基于網(wǎng)絡(luò)推理算法應用到子結(jié)構(gòu)?藥物?通路異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)上，構(gòu)建藥物?通路預測模型；在該模型中，輸入新的化學實體分子，輸出潛在的通路關(guān)系；并結(jié)合基于通路的藥物重定位策略，發(fā)現(xiàn)上市藥物中其他的疾病治療效應。本發(fā)明簡單有效，在藥物通路預測方面及基于通路的藥物重定位方面具有較優(yōu)預測性能；且快速得出結(jié)果，相較于試驗確定的藥物通路關(guān)系更加快速高效。